Бело-голубые ворвались в элиту российского мини-футбола с первого же сезона. В плей-офф чемпионата страны 2002/03 динамовцы поочередно обыграли традиционно сильную «Дину», затем победителя регулярного первенства «ВИЗ-Синару», а в финале в третьем решающем матче — действующего чемпиона «Норильский Никель».

В подтверждение закономерности успеха следующий сезон бело-голубые провели еще лучше, повторно завоевав чемпионское звание и прибавив к нему победу в Кубке России. В сезоне 2003/04 на тренерском мостике «Динамо» появился привычный теперь дуэт Руднев — Шибаев, успешно руководящий командой до сих пор.

В 2004 году динамовцы во второй раз в своей истории выиграли Кубок России, увенчав этой победой выигрышную серию из 22-х матчей. Очередное «золото» национального чемпионата бело-голубые оформили досрочно - за 3 тура до его окончания. В Кубке УЕФА команда дошла до финала, где по сумме двух матчей, все же уступила бельгийскому «Аксьон 21».

Сезон 2005/06, четвертый по счету, оказался очень непростым для команды. Клуб покинули Юрий Руднев и Сергей Иванов. Задача выиграть Кубок УЕФА, сохранив при этом все внутренние трофеи, легла на плечи Александра Шибаева. Вследствие множества травм, находясь далеко не в оптимальном составе и не в лучшей форме, динамовцы проиграли Кубок России щелковскому «Спартаку». И хотя бело-голубые во второй раз уступили в финале европейского кубка, вновь остановившись в полушаге от триумфа, они продемонстрировали отличную игру, которая стала залогом очередного досрочного чемпионского титула.

В следующем юбилейном для «Динамо» сезоне 2006/2007 в клуб вернулся Юрий Руднев. И хотя в российском кубковом финале с «ВИЗ-Синарой» была допущена осечка в серии пенальти, к решающим европейским баталиям динамовцы подошли во всеоружии. Выиграв решающий матч у лучшего клуба мира испанского "Бумеранга Интервью" со счетом 2:1, бело-голубые стали первым российским клубом, завоевавшим Кубок УЕФА. Оформить пятое чемпионское звание в юбилейный год после европейского триумфа динамовцам не составило особого труда.

Cезон 2007/2008 динамовцы провели на одном дыхании. В результате вопрос о чемпионстве был снят задолго до конца первенства. В апреле 2008 года впервые в Москве прошел «Финал 4-х» Кубка УЕФА. Уступив в драматичном финале по пенальти испанскому «Эль-Посо», динамовцы стали бронзовыми призерами турнира. Однако эта относительная неудача с лихвой скрасилась завоеванием Кубка России и досрочным оформлением шестого подряд чемпионского звания.

Возросшая конкуренция в российском чемпионате, прежде всего, со стороны «ВИЗ-Синары» и ТТГ-ЮГРА, травмы ведущих игроков, а также трудности с финансированием в период экономического кризиса, привели к тому, что в сезоне 2008/2009 динамовцы впервые в своей истории опустились на второе место в турнирной таблице. Тем не менее, выигрыш Кубка России, где бело-голубые уверенно обыграли екатеринбургский «ВИЗ-Синару», показал огромный потенциал команды.

Сезон 2009/2010 стал для динамовцев, пожалуй, самым тяжелым за все время существования клуба: 18 марта 2010 года, на 40-м году жизни скоропостижно скончался Президент МФК «Динамо», лучший игрок мини-футбола XX века, вице-президент Ассоциации мини-футбола России Константин Викторович Еременко. Потеря такого человека не могла не сказаться на команде. Несмотря на все сложности, футболисты «Динамо» проявили характер и, обыграв в ответном финальном поединке МФК «Тюмень», вписали еще одну достойную страницу в историю клуба, защитив титул обладателей Кубка России.

«Динамо» — это сплав опыта российских игроков, профессионализма легионеров, четкой и грамотной стратегии тренерского штаба, умелой организации рабочего процесса и здоровых амбиций руководства. Упорная работа и сплоченность коллектива — основа успеха "Динамо". Однако успех этот был бы невозможен без финансовых партнеров клуба, его преданных болельщиков, их поддержки и веры в клуб.